1) Создайте управляемый проект ( File-> New C++ Project -> Executable

2) Добавьте в проект несколько файлов, содержащих функцию main()

3) Перейдите в Project  -> Properties -> C/C++ General -> Path & Symbols -> Manage Configuration

4) Создайте для каждого желаемого исполняемого файла конфигурацию сборки (Build configuration) и дайте им удобное имя (можно скопировать из существующих конфигураций Debug и Release)

5) Из обозревателя проекта нажмите на каждом файле с функцией main правой кнопкой мыши и выберите Resource Configuration -> Exclude from Build и выберите все конфигурации, кроме конфигурации, созданной для этого файла.

6) Весь код по умолчанию включен во все сборки, в зависимости от проекта может потребоваться настроить другие файлы с кодом.

7) Вы можете собрать исполняемый файл отдельно с помощью Project -> Build Configuration -> Set Active, Project -> Build Project